近亲繁殖，会增加后代畸形个体比率。不论人还是动物都一样。亲缘关系越近，基因越相近，生成后代的基因越容易纯合。结果就是后代能够稳定遗传，也就是血统纯正。比如一个人带有白化病基因，即11号染色体上的隐性基因。正常基因是A，致病基因是a，只要两个11号染色体有一个是正常的，后代就是正常的，比如AA和Aa型的都是没病的，而只有aa才有病。
普通人如果比较背，基因型是Aa（几率非常非常低），再找个媳妇也恰巧是Aa的实在是不容易，但是俩亲戚，如果一个是Aa，由于近亲，基因型相似的可能性非常高，凑个媳妇也是Aa的可能性非常大，生孩子时一家那拿一条染色体，凑个aa的几率就高了。这样容易把有病基因纯合出来，导致发病。但是和人不同，动物生的后代里，有病个体可以处理掉，可以人道毁灭，可以直接死掉。
动物为什么不存在近亲繁殖的问题？
动物也是存在近亲繁殖的问题的。你所提到的猫狗之类的宠物，所提及的血统纯正，首先也是在有比较大的种群情况下的繁殖，这样的繁殖保证了血统的同时又不会让繁殖双发的亲缘关系太近，所以并没有太过于明显的近亲问题，但是即便如此，其实纯种的猫狗还是有着非常严重的缺陷的。每个狗的品种别选育出来都是经过严格的特化的，所以即便拥有比较大的种群，但是依然会有亲缘关系比较近的情况出现，比如，那些农村的土狗或者流浪狗，小狗出生之后，除了喝奶，有什么吃什么，残羹剩饭有口吃的就是不错的了，但是纯种的狗，除了宠物食品，几乎不能吃人和其他东西，吃了就很可能生病危及生命，这也是在近交关系中出现的缺陷，只不过并不表现在智力或者长相方面，同时又在优越的人工饲养条件下弥补了生理上的缺陷。
当然也有长相方面就已经显而易见的，比如白虎，我看也有别的回答中提到了白虎，确实，这是个典型的案例，因为全世界动物园中展示的所有白虎的基因都是来自于那几个个基因突变的白体色个体，所以所有白虎都是种群很小的近亲繁殖的结果，所以，现在看来，每一只白虎都长得相当难看，并且它们的生存能力肯定比起野生白虎差了很多。
另外，我们熟悉的小白鼠，为了遗传背景单一也都是近亲繁殖的结果。但也有不同类型，比如近交系和封闭群，简单点说就是近交系是兄弟姐妹互相繁殖最后得到的一个品系，而封闭群是大群体互相繁殖得到的品系，虽然都是亲缘关系近遗传背景单一，但是一个来自小群体一个来自大群体，相比较，小群体近交系的小鼠，个体小，生的少，对饲养环境要求高。
