派校委去河南、湖北、江西选址，都遇到了困难。看到这种情况，安徽省革委会主任李德生与中科院商量，决定将学校迁到省会合肥，在合肥师范学院旧址办学。粗略选址后，河南以物资短缺为由拒绝了。1969年10月，国内外形势急剧变化。由于文革的破坏和疏散的影响，北京的重点大学陆续迁出。
中国科技大学最初计划迁往河南，为什么会被河南拒绝？若中科大在河南，会有什么影响？
中国科学技术大学南迁恰好50周年60年前，中国科大肇启京华。我们的学校如果能够说像一张白纸，那么就请把我们的学校办成最新最美的学校吧。这段声音，是1958年9月20日时任校长郭沫若在中国科学技术大学开学典礼上的讲话。当时可能不会有人想到，中国科大在北京玉泉路19号只待了十余年。中科大辗转南迁 这所一诞生就风华正茂的大学，在北京度过11载春秋后，辗转千里南下。
选址历经坎坷，河南因物资短缺条件艰苦婉拒1969年10月，国内国际局势风云变幻，受文革的破坏以及战备疏散的影响，北京重点高校纷纷外迁。国务院科教组组长刘西尧向科大传达了搬迁指示。 搬迁选址却一波三折。校革委会分别派往河南湖北江西选址，但都遇到了困难。虽带有刘西尧的亲笔信，受到了河南省生产指挥组组长的接待，在南阳山区和邓县看了不少地方，但河南省只同意在平汉路以西的南阳专区的唐河新野一带山区丘陵地带临时战备疏散，若在河南建校他们表示有困难。
选址人员回到北京，都表示这个地方没有条件，不能去。 短暂落脚安庆，最终定居合肥直到安徽安庆首先接收了部分南迁师生，却最终因物资严重短缺难以为继。安徽省革委会主任李德生见此局面，同中科院商议，决定将学校搬迁到省会合肥，在合肥师范学院校址办学。1970年1月，中科院方面领导口在中科大在皖负责人不在场的情况下会见了李德生，协商科大搬迁合肥的若干事宜。
对于科大迁皖，李德生指示安徽来了一二十个单位，但都是找个基点，领导关系还在原上级机关我们原来以为科大也是如此，现在情况更具体了，关系下放了经过研究，安徽有困难，可考虑在合师院由此，科大正式迁至合肥，在原合肥师范学院校址办学。原北京玉泉路科大校址很快被铁道兵与海军部队占用，教室实验室等也被改成了招待所宿合。
中科大通过努力取得今天的成绩，实属不易。中科大的发展历程历经艰辛，也曾面临生死存亡的危险。中科大经过很多地方搬到了南方的合肥，大部分师资和设备都流失了。到1972年，教授、副教授只有十余人。你还想办学校吗？在极其困难的情况下，留守师生的信念不灭，二次创业磨砺了宝贵的南迁精神。学校办了砖厂，师生挖砖烧砖盖房子。60多岁的学部委员钱先生回到了讲台。学校从零开始重建实验室，1976年恢复近400个科研项目。
