而最早的东海主要指陕西、河南、山东和河北被海水淹没的区域。邛崃山以南及以西的成都平原及四川(包括重庆)其它的许多低洼处都在海洋中，秦岭以南都是海洋，整个大巴山都浸泡在海洋中，长江还没有从海水中分离出来，长江以南，如贵洲、云南、湖南、浙江、广东、广西的广大地区也在海洋中，统称南海。我国的南部区域下沉比较深，是因为地壳向南漂移了二千多公里后，陆地地壳向海洋覆盖导致的。
而且经历数百年至上千年海水都没完全退去。一些地方一两千年后，海水才逐渐退完。成都平原的海水，在约3000年前，才基本退完。史上曾记载，三苗一族因帝尧将帝位禅让于舜引发不满，多次作乱而败，为躲避官府的追杀，逃到了南海。那时的南海就是指贵州、云南、湖南和四川一带。我国的苗族和羌族就是三苗的后裔，现在主要集中居住在贵州、云南、湖南和四川等省，这与史实是相符的。
史上还记载道，舜征三苗，道死于今湖南苍梧，并葬于苍梧的九嶷山。这都说明长江以南就是过去的南海。关于我国一些大型河流的出处、走向、入海处，只在《海内东经》中有集中介绍，说明约3600年前，长江等大型河流才从海水中分离开来。最早在《海外南经》中记录了“三苗国”，说那里的人喜欢成群结队，一个跟着一个，又好像随时要远行。
这也许是当时三苗人应对官府追杀的一个好办法。要么靠人多势众与你抗争，要么就立即逃离。奇怪的是在洪水消退后的《海内南经》中没有任何关于三苗的一点记载，三苗国的人极有可能在官府的追杀下已经亡国，剩下的人也已经逃亡或隐藏起来了。《山海经》记载的是夏朝建国前后发生的事情，即黄帝死后数百年以后的事情。目前通常认为黄帝约生于公元前2717年，死于公元前2599年，这种可能性不大。
因为黄帝只能是在4300年前磁极倒转之后出生的，而不可能在这之前。如果我们将时间推后500年，认为黄帝是在公元前2217年出生，死于公元前2099年倒是很合理的。据史料记载黄帝20岁当政，即在公元前2197年当政是比较合理的。在黄帝之前还有一个三皇时期，即伏羲、女娲和神农执政时期。而公元前2300年到公元前2197年有约103年时间，有一百年多点两代人执政，这是非常说得通的。
据一些史书记载，少昊在位84年，颛顼在位78年，帝喾在位70年，帝挚在位9年，帝尧在位98年，帝舜在位39年，大禹在位8年，夏启在位39年。他们共同在位425年。也就是说《山海经》记录的是3600年前发生的事情，起始时期为舜执政时期，截止时间在3600年前夏启执政的夏朝时期，时间跨度约80年。有人会说，在《大荒西经》中明明写道帝舜墓，时间应从帝舜死后算起，但我不这样认为，因为《山海经》是当时国家的档案资料，这些资料是可以随意添加的。
这些资料记录的时间前后至少有数十年，后来添加上去的可能性大。这段时期是第一次大洪水逐渐消退和第二次局部大洪水发生并迅速消退时期。第二次的大洪水发生的原因，主要是在北半球的顶被效应下，北方的陆地向上抬升，导致海水南流造成的，因此，这只是一次发生在我国中部和南方的大洪水。由于海水在逐渐消退，北半球的顶被效应，也逐渐使地壳向北移动，地理面貌往往在数年至数十年内都会发生很大变化。
由于对山川的普查需要人力，而且是靠人的徒步行走，很费时间，每次记录的地理面貌都不一样。《山海经·山经》分为《南山经》、《西山经》、《北山经》、《东山经》和《中山经》，它们记录的时间先后是不一样的，由于记录的时间先后的差异，地理面貌却随时间在不断变化，所在山川的地理位置会发生改变。而且，《南山经》还分为“南一次经”、"南二次经”和“南三次经"。
说明《南山经》是分三次普查写成的。《西山经》共分为四次经，《北山经》分为三次经，《东山经》分为四次经，《中山经》分为十二次经。从中可看出，对中部的大山普查统计得最多，足有12次。这不难理解，因为中部住的人多，且距离近，这是普查得最多的原因。古代的昆仑山在哪里？这是最让人头痛的问题。其实古代昆仑山就是现在的昆仑山，而今昆仑山脉几乎与青藏高原连为一体。
在4300年前发生磁极倒转后，整个西部的地壳向南移动了约2000多公里，昆仑山山体和西藏高原都下沉了约3000米，特别是昆仑山南麓下沉得最厉害，山体与整个青藏高原分离开来，中间还隔着数百米深的海水，气候一下子也由高寒缺氧和干旱的气候变成温暖宜人的温带或亚热带气候。由于地壳的南移，不仅使我国西部的气候变得温暖宜人，而且也使我国东部的气候变得十分温热，如在《南次三经》中明确说到渤海附近多象，这说明那时期渤海附近的气候是很温暖的。
