结果大同没打下来，自己损兵折将不说，还得罪了明朝，为后来明朝对他见死不救埋下了伏笔。崇祯五年，屡攻关宁防线不克的皇太极调转锋头，二征林丹汗。临行前，皇太极传令归顺后金的蒙古各部开会。这些归顺后金的小部落不敢不去，便凑了十万人，配合皇太极一起浩浩荡荡围剿林丹汗，打得林丹汗丢盔弃甲，狂奔三千里，逃到了青海。
当时，后金军倾巢出动，明朝是可以趁机偷袭后金老巢的。但是明朝方面由于愤恨林丹汗五年前打大同之举，便故意不救，这导致林丹汗最终病死在了青海。林丹汗死后，后金军撤回。看到后金军走了，林丹汗的儿子额哲就偷偷率残部返回河套地区，想东山再起。不久后这个消息被皇太极得知，他立刻派多尔衮、岳托、萨哈廉、豪格各领兵一万，以斩草除根之势，痛殴额哲。
最后额哲抵抗不住，便带着元朝的传国玉玺向后金军投降。延续了四百多年的蒙古帝国也正式宣告灭亡。额哲投降后，带领漠南蒙古四的十九个封建主一同尊奉皇太极为“博格达彻辰汗”。皇太极成为蒙古大汗。（也就是说，漠南蒙古人堕落到给自己找了一个女真人当大汗）皇太极成为蒙古大汗的第二年，将国号从金改为大清，建立了大清帝国。
清朝建立后，皇太极将漠南诸部分化，分设左右翼察哈尔八旗，封额哲为亲王，并将皇女马喀塔格格嫁给他。三藩之乱时，察哈尔部的首领布尔尼举兵反清，遭到清军镇压并屠杀。因而林丹汗的后裔现在就没有了。不过，漠南蒙古人虽然打不赢满清，但是在嫁女人这方面很成功。清朝的前三任皇后都是科尔沁部落的郡主，其中最有名的就是孝庄皇太后。
而当八旗子弟堕落之后，漠南蒙古的骑兵部队也成了满清统治中原的绝对中坚力量。比如第二次鸦片战争时，僧格林沁率领的部队就是科尔沁的蒙古骑兵。再说喀尔喀蒙古。喀尔喀人其实不是正根的蒙古人，他们的祖先是“札剌亦儿部”，早年为了争夺牧场跟蒙古人多有矛盾。后来札剌亦儿人被成吉思汗七世祖海都打败，成为蒙古部的世仆。
蒙古人征战四方，离开草原后，这些人就霸占了草原，成为漠北草原的新主人。明朝末年，喀尔喀蒙古分化，一部分留在了草原，一部分则南下，被称为“内喀尔喀”。皇太极征服漠南蒙古时，“内喀尔喀”东部诸集团也臣服于清朝。而在草原上的喀尔喀人则只是接受了册封，没有正式归顺清朝。后来准噶尔汗国兴起，噶尔丹率三万精兵突袭喀尔喀，把喀尔喀打的大败，这部分蒙古人顶不住，便开会决定举旗投清，寻求清朝出兵保护。
（《康熙王朝》里面的宝日龙梅就是喀尔喀人）康熙皇帝听说喀尔喀蒙古归顺，很高兴，他出兵十万，逼走噶尔丹，然后与内外蒙古各部首领齐集于多伦诺尔举行会盟。在会盟期间，康熙宣布保留喀尔喀各部首领汗号，在喀尔喀地区实行札萨克制。于是外蒙古便成为清朝的一部分，正式并入清朝版图。PS：札萨克制是一种官制，用蒙古人的话说就是执政官的意思。
清代将蒙古族住区分设为若干旗，每旗旗长称为札萨克，由蒙古的亲王郡王、贝勒、贝子、公、台吉等贵族充任，管理一旗的军事、行政和司法。受朝廷的理藩院和地方将军、都统的监督。喀尔喀蒙古并入清朝后，外蒙古北部还有很多鞑靼人，这些鞑靼人没有归顺清朝。后来沙俄东扩，雍正皇帝便与沙俄的女沙皇叶卡捷琳娜一世签了两份条约——《布连斯奇条约》和《恰克图条约》。
共同瓜分了外蒙古以北地区。注意了，这两份条约清朝做了巨大让步，放弃了很多土地。但条约本身是平等的。因为在雍正的眼里，这不是割地，而是清朝和沙俄共同瓜分不归顺的蒙古部落的条约。接连征服、吞并漠南和喀尔喀蒙古后，最后就只剩下漠西蒙古了。漠西蒙古主要有两群人，一群是成吉思汗当年册封在西域，并在西域建立察合台汗国的蒙古人，这群蒙古人后来被突厥化了；二是明朝末年从漠北草原西迁的瓦剌人，当时这股西迁的蒙古人又分成了五大部群，史书上称为“厄鲁特蒙古五大部”。
这五大部中，名气最大的是准噶尔部和土尔扈特部。不过这两部名气虽然最大，但起初实力最强的不是这两部，而是和硕特部。并且和硕特部首领是成吉思汗弟弟的后裔，因而和硕特部凭借实力和血统的优势，就担任了漠西蒙古的老大。皇太极暴揍林丹汗的时候，漠西蒙古受到了喀尔喀蒙古和沙俄的两面夹击，和硕特部首领固始汗为了寻求清朝的支持，就采用了远交近攻的计策。
