初七,由于久旱不雨,朱翊钧诏令各地审理、平反冤案,释放凤阳轻犯以及监禁长时间的罪犯。十七日,又步行至南郊祈祷,对大学士们说:“天大旱,是因为朕不德,也是因为各地有司贪婪,盘剥百姓,致使天怒,今后必须慎选官吏。”免除天下受灾地区一年田租。五月十六日,下雨。六月初二,慈宁宫建成。初三,建武所叛军被平定。同月,四川松、茂番人作乱。
秋八月十一日,京师地震。闰九月初一,赈济淮、凤灾害。初五,朱翊钧到天寿山观看寿宫。初十回宫。二十二日中止行刑。 冬十二月初一,淘汰惜薪司内官冗员。当月,顺义王乞庆哈死去。这一年有土鲁番、乌斯藏前来朝贡。 万历十四年(1586)春二月十八日,严禁外官馈送礼物。三月初三,由于久旱,要廷臣疏陈时政。
初八,禁止部曹言事,放弃整治京畿水田。十八日,赐予唐文献等人为进士及第以及其他不同的出身。二十三日,仍然久旱不雨,朱翊钧又命天下修身反省。 夏四月初九,京师地震。六月二十日,松茂番被平定。这年夏天,赈济直隶、河南、陕西及广西浔、柳、平乐,广东琼山等十二县饥荒。山西始闹盗贼。 秋七月初十,赈济江西灾害。
十五日,朱翊钧诏令户、兵二部安抚灾民,严格保甲制度。当月,淇县贼人王安聚众打劫,被剿平。九月初一,王家屏因父丧去职。二十四日,中止行刑。二十八日,朝廷下发帑并派官吏赈济河南、山东、直隶、陕西、辽东、淮、凤灾害。 冬十月初五,礼部主事卢洪春上疏奏请谨慎对待弊端,被施杖刑后削去官籍。十一月十三日,在京城南郊祭祀上天。
这一年,有土鲁番前来朝贡。 万历十五年(1587)春正月初三,分发国库所藏的金帛以赈济山西、陕西、河南、山东各地宗室。三月二十六日,乞庆哈之子扯力克世袭顺义王之封号。 夏四月,京师大旱,瘟疫流行。六月初十,禁令廷臣奢侈。当月,京师连降大雨,朝廷赈济抚恤贫民百姓。 秋七月,江北发生蝗灾,江南发生水灾,山西、陕西、河南、山东又发生旱灾,黄河也在开封决口,朝廷分别给予减免赋税和赈济。
八月初三,朱翊钧以频繁发生灾害为由,命各抚、按官员力惩贪官,清理冤案,减免赋税,赈济抚恤百姓。九月初一,应有日食,但因阴云遮掩而不能看见。初三,中止行刑。 冬十月初五,大学士申时行奏请皇帝批示转发留在宫禁中的各种奏章。十一月初三,郧阳发生士卒喧乱,巡抚都御史李材被撤职。这一年,有哈密、琉球、乌斯藏前来朝贡。
万历十六年(1588)春三月初十,朱翊钧下诏修改《景皇帝实录》,删去成阝戾王之封号,后来没有实行。山西、陕西、河南及南畿、浙江同时发生饥荒和瘟疫。 夏四月,赈济江北、大名、开封各府饥荒。五月,四川建昌番作乱,被讨伐平定。二十三日,朱翊钧以仓储军械被焚和各省灾伤为由,命内外官员修身反省。六月初八,京师发生地震。
十二日,因灾害而停止和减少苏、杭织造。 秋七月初四,免除山东受灾之地的夏粮赋税。十九日,制订考察边疆官员政绩的方法。八月十四日,朱翊钧诏令从太仓取银二十万两充作阅陵的犒赏费用。九月初九,中止行刑。初十,朱翊钧到天寿山视察寿宫。十四日,在石景山停留观看浑河。十五日回宫。二十日,甘肃发生兵变,巡抚都御史曹子登被罢免。
当月,青海部长他不囊进犯西宁,杀害其副将李魁。冬十一月十二日,禁止空泛、冗长之奏章。这一年有乌斯藏前来朝贡。 万历十七年(1589)春正月初一,有日食。初九,太湖、宿、松一带有刘汝国等贼寇作乱,安庆指挥陈越率兵讨伐,战死。二月十九日,吴松指挥陈懋功讨伐并平定乱贼。三月初九,被罢免和升迁的官员上朝面谢。
从此以后皇帝临御逐渐减少。十六日,云南永昌发生兵变。十八日,赐焦..等人以进士及第和其他不同出身。 夏四月二十三日,王家屏重新入阁。始兴妖僧李圆朗作乱,进犯南雄,被有司率兵讨伐并斩死。六月初九,浙江发生风灾,海潮泛滥。十四日,永昌叛军被平定。三十日,南畿、浙江大旱,太湖干涸,拨国库银四十万两予以赈济。
秋八月二十七日,严申匿名揭发禁令。 冬十月初九,中止行刑。二十九日,完成黄河决口筑堤工程。十二月十六日,朱翊钧告诫各位官员遇事不要争强好胜。这一年,安南、乌斯藏曾来进贡。 万历十八年(1590)春正月初一,朱翊钧召见大学士申时行等人于毓德宫,并引皇长子前来相见。 夏四月十三日,赈济湖广饥荒。