六月初九，免京畿受灾地区的夏粮赋税。十四日，青海部长火落赤进犯洮州，副总兵李联芳战败死去。十五日，更改宗藩先例，对无封爵者听其自便。 秋七月初一，有日食。二十六日，朱翊钧召见内阁大臣商议边防大事，同时要他们举荐将材。三十日，兵部尚书郑雒经略陕西四镇及山西、宣、大边务。当月，火落赤再次进犯河州、临洮，总兵官刘承嗣战败。
八月初四，停止扯力克互市及对其的赏赐。 冬十月初十，赈济临洮遭受战乱的军队和百姓。十二月十六日，朱翊钧派遣朝廷大臣九人视察边防。这一年有安南前来朝贡。 万历十九年(1591)春正月，缅甸攻占永昌、腾越。二月十八日，总兵官尤继先在莽剌川打败火落赤余众。闰三月十二日，朱翊钧以出现彗星为由，命群臣修身反省。
十四日，责备给事中、御史擅进讥讽皇帝之言，罚减其官俸一年。 夏四月初一，祭祀太庙。此后，庙中祭祀都遣人代替。五月十八日，四川四哨番作乱，巡抚都御史李尚思讨伐平定叛乱。六月十九日，王锡爵归乡探亲。 秋七月二十日，朱翊钧告诫廷臣：因国事纷纭，使得大臣争相请求辞官还乡，以后有肆行诬蔑的人要从重治罪。八月初五，免除河南受灾地方的田租。
九月初十，许国辞官。十二日，申时行辞官。十五日，吏部侍郎赵志皋担任礼部尚书，原礼部侍郎张位担任吏部侍郎，一同兼任东阁大学士，参与机要事务。 冬十月初一，京营军官在长安门哗变。十二月初二，下诏规定戚臣庄田数目。二十一日，河套部敌进犯榆林、延绥，总兵官杜桐将其击败。这一年，京师发生蝗灾，南畿、浙江发生水灾，朝廷分别予以赈济和减免赋税。
同年，琉球前来朝贡。 万历二十年(1592)春正月二十六日，给事中孟养浩建议立太子，被施杖刑于阙下，并被削除官籍。三月初八，宁夏已辞官的副总兵口孛拜杀害巡抚都御史党馨、副使石继芳，占据城池反叛。十一日，王家屏辞官。十二日，总督军务的兵部尚书魏学曾领兵讨伐宁夏叛贼。十八日，朱翊钧赐予翁正春等人以进士及第及其他不同的出身。
夏四月十五日，总兵官李如松提督陕西讨贼军务。二十六日，甘肃巡抚都御史叶梦熊率兵会同魏学曾讨贼。扯力克擒住贼首，开关献俘，于是朝廷返还其两年互市赏赐。五月，倭寇进犯朝鲜，攻陷王京，朝鲜王李日公逃往义州求救。六月十九日，各路兵马进军到宁夏，贼寇引诱河套部进犯，被官军击退。 秋七月十六日，免除陕西拖欠赋税。
十七日，副总兵祖成训率兵援救朝鲜，在平壤与倭寇交战，战败。二十七日，罢免三边总督魏学曾，以叶梦熊取而代之，不久逮捕魏学曾，打进监狱。八月十八日，兵部右侍郎宋应昌经略防备倭寇之军务。二十二日，朝廷诏谕各地督抚举荐将材。九月十六日，平定宁夏贼寇。 冬十月十六日，李如松提督蓟、辽、保定、山东军务，并担任防海御倭总兵官，援救朝鲜。
同月，赈济京畿、浙江、河南受灾各府，并分别对田租予以减免。十一月十二日，朱翊钧驾临午门，接受宁夏战俘。十二月八日，告示天下：宁夏贼寇已被平定。这一年，有暹罗、土鲁番前来朝贡。 万历二十一年(1593)春正月十九日，李如松将平壤倭寇击败。十六日，王锡爵还朝。二十六日，朱翊钧下诏封三个皇子为王，朝廷大臣据理力争，不久作罢。
二十七日，李如松进攻王京，在碧蹄馆与倭寇相遇，战败。二月二十九日，犒劳东征将士。 夏四月十九日，倭寇放弃王京而遁。六月十四日，朱翊钧诏令天下各地每年夏季审讯囚犯，对轻犯之类予以减刑和释放，以两京为例。二十日，倭使小西飞真诚请求投降。 秋七月初一，诏谕救援朝鲜的各边镇军队返回。初三，出现彗星，命群臣修身反省。
八月初五，朱翊钧以灾异频繁为由，命内外诸臣修举实政。 冬十月十六日，中止行刑。十二月初七，蓟辽总督顾养谦兼理朝鲜事务，召回宋应昌、李如松。当年，赈济江北、湖广、河南、浙江、山东饥荒。河南矿贼大起。乌斯藏前来朝贡。 万历二十二年(1594)春正月二十日，朱翊钧诏示天下：各省灾害频繁，尤以山东、河南、徐、淮为甚，盗贼四起，官吏玩忽职守，朝廷诏令不行，自今以后，要以安民除盗之政绩来决定罢免和升迁抚按官员。
